農業(yè)生產是一個開放的系統(tǒng)，影響農產品安全生產的因素眾多，歸納起來，主要包括以下幾個方面：
1、產地環(huán)境
工業(yè)排放的廢氣、廢水、廢渣、未經處理的城市和鄉(xiāng)村污水等含有的有害物質造成產地環(huán)境中空氣、水和土壤的污染，通過植物的吸收和富集作用，引起農作物中鉛、鎘、汞、砷等重金屬元素超標，苯并芘等有機物和沙門氏菌、蛔蟲卵等有害生物污染，影響產品質量安全。此外，工業(yè)“三廢”含有的酸、堿等有害物質也會影響作物的正常生長發(fā)育，造成農產品減產甚至絕收。
2、農業(yè)投入品
使用不合格的農業(yè)投入品會造成農作物減產、絕收、品質變劣，破壞農業(yè)生態(tài)環(huán)境。如使用假種子、純度低的種子會造成作物減產，使用含有檢疫性病、蟲、雜草的種子，會破壞農業(yè)生態(tài)環(huán)境；使用有效成分含量不足的農藥、化肥，會造成農作物減產；使用重金屬超標的化肥，會污染農業(yè)生態(tài)環(huán)境，影響農產品質量安全。
3、耕作制度
耕作對農業(yè)生產和生態(tài)環(huán)境會產生兩方面的影響。一方面，合理的耕作制度能夠充分利用當?shù)氐墓?、熱條件，增加光能利用率，在實現(xiàn)農產品增產增收的同時，對環(huán)境也產生有利的影響，如合理的耕作措施能夠提高綠色覆蓋率，增加生物多樣性；農田水利設施的修建及合理使用有利于水土保持；秸稈還田能夠增加土壤有機質等。
另一方面，不合理的農業(yè)生產方式會對環(huán)境造成不利影響甚至是危害，如土地資源的過度開發(fā)和不合理利用，導致自然環(huán)境被破壞，引起水土流失、土壤肥力下降等問題；干旱半干旱區(qū)過度發(fā)展灌溉農業(yè)，引起草場退化，甚至土地荒漠化；半干旱區(qū)灌溉農業(yè)，采取漫灌等不合理的灌溉方式，可導致土地鹽漬化。
4、生產管理
合理的生產管理措施和栽培技術是農產品安全生產的基礎，是確保農產品增產增收、優(yōu)質安全的基本保障。不合理的生產管理措施不但會造成作物大面積減產，還會對環(huán)境產生不利影響。
